La ciencia en Costa Rica escanea el coronavirus en busca de mutaciones y variantes
La presencia del virus tipo delta, causante del COVID-19, fue confirmada en Costa Rica esta semana.
Para comprobarlo, se llevaron a cabo varias pruebas que estudiaron cuidadosamente cada gen de 16 personas, quienes resultaron tener esta variante aterradora. Llegar a esta conclusión también involucró a decenas de profesionales en áreas como la microbiología, la bioinformática y la virología.
Todo fue coordinado por el Laboratorio de Genómica del Instituto Costarricense de Investigación y Educación en Nutrición y Salud (Inciensa) con el apoyo de la Universidad de Costa Rica (UCR) y el Hospital Nacional de Niños (HNN).
¿Cómo es este proceso? Nación Habla con Francisco Duarte, director del Laboratorio de Genoma de Incienso, para más detalles.
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¿Qué se analiza?
Los genes pueden ser más complejos en algunos virus que en otros. En el caso del SARS-CoV-2, causante de una enfermedad epidémica, se inició un análisis más certero, meses después de iniciar el abordaje que nos permitió comenzar a descubrir.
El genoma indica la «huella digital» completa del virus en detalle. Con base en esta información, se pueden tomar mejores decisiones para lidiar con esto.
Según Duarte, este proceso consta de dos partes, la primera con carácter de laboratorio y la segunda con bioinformática.
El primero comienza cuando se toma una muestra de una persona para diagnosticar si es positiva o no para el virus. De todas las pruebas positivas, se selecciona un pequeño porcentaje para pruebas universales.
De momento, este paso tiene un componente que hace unos meses que no está y se está acelerando: ya existen pruebas específicas que detectan variantes concretas y te avisan cuando se realiza un análisis genético completo.
Estas pruebas detalladas «buscan» tres variables preocupantes (VOC), que, debido a sus características de transmisión o comportamiento, fueron seguidas de cerca: alfa (visto por primera vez en el Reino Unido), beta (visto en Sudáfrica) y alcance (a hazaña descubierta en Brasil).
De esa manera, cada vez que tenga muestras, primero debe pasar estas pruebas que determinan si pertenece a uno de estos VOC. Así, se determinó, por ejemplo, que las variantes alfa y gamma se convirtieron en mayoría en las últimas semanas.
Y así también se encuentran deltas: todo lo que sea negativo en estas pruebas específicas se somete a un análisis completo de todo el genoma. Y luego este análisis encontró las mutaciones que diferenciaban los deltas.
Asimismo, se identificó en los análisis que la llamada “alternativa ética” ha desaparecido casi por completo.
Para Duarte, este último también cuenta la historia del virus en nuestro país y la dinámica del comportamiento.
«Nuestro país estuvo muy cerrado a los viajes internacionales durante varios meses, y todo era original, por lo que fue fácil que surgiera un tipo diferente de nuestro país, abriendo más COV, más infecciosos, que se volvieron más dominantes».
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Progreso
Un mejor conocimiento del virus y la tecnología, así como mayores recursos, nos permitió avanzar.
Al inicio de la epidemia, en abril del año pasado, se alcanzaron los primeros seis genomas completos, luego se hicieron 24 y luego 48. 2020 terminó con alrededor de 200 análisis.
Hasta ahora, en 2021, se han realizado 600 análisis.
“En menos tiempo tendremos tres veces más genomas.
“Comenzamos probando diferentes protocolos en laboratorios, diferentes técnicas y diferentes reactivos para ver cuál da los mejores resultados, en cuyo caso, y no es como si ‘coincidiera’ con un protocolo”, dijo.
Más tarde, a medida que avanzaba la enfermedad, dio consejos sobre cómo proceder.
El experto explica que, por ejemplo, cuando se confirmó la variante alfa en Reino Unido, se analizaron aquellos con antecedentes de viajes a esa región. Lo mismo sucedió cuando comencé a hablar de la pista en Brasil.
Otro candidato fueron los brotes inesperados en ciertas áreas o presentaciones extrañas de la enfermedad.
Ahora, con pruebas más específicas para VOC, esto simplifica más investigaciones sobre la variante delta u otras que puedan surgir en el futuro.
Por el momento, dijo Christian Pérez, microbiólogo de HNN, hay dos intenciones de seguimiento genético. El primero es obtener una muestra representativa de casos de países.
El otro va para grupos más concretos como los ya mencionados por Duarte, pero también pueden incluir infectados y vacunados, personas con problemas inmunológicos e infecciones.
Esto le permitirá tener una mejor idea del virus que se está propagando en nuestro país.
Actualmente, se generan de 100 a 200 genomas por mes para los casos detectados en todo el país. Más funciones deberían llegar a 500 por mes.
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para el futuro
El científico entiende que Costa Rica no puede alcanzar la meta de algunos organismos de secuenciar los genomas del 1% de los casos. Esta idea nació en la sociedad europea, en países con características muy diferentes a las nuestras.
«No vamos a comparar la capacidad de producción de Costa Rica con la del Reino Unido, que tiene acceso a esta porción», dijo.
Por tanto, señala que no todas las funciones pueden utilizarse para “rastrear” el delta, sino también para otras variables preocupantes que puedan surgir.
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como un libro
Para Alan Orozco, director de la Red Centroamericana de Bioinformática, examinar un virus es como traducir un libro a un idioma desconocido.
Este libro consta de 30.000 letras que identifican su material genético. Cada página consta de la siguiente combinación de letras: A, C, G, U. Debemos traducir y leer este libro para descubrir el genoma ”, dijo el científico bioinformático en una entrevista hace unas semanas.
Cada vez que el virus se replica, cambia, como cuando se hacen varias fotocopias de copias anteriores y el papel no tiene el mismo aspecto.
Estos cambios son los que definirán las variables.
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